Dieses Projekt leistet einen zentralen Beitrag zur Entwicklung moderner molekularer Monitoringverfahren für die Bewertung des ökologischen Bodenzustands und den langfristigen Schutz der Bodenbiodiversität in Deutschland. Am Senckenberg Biodiversitäts- und Klimaforschung Zentrum in Frankfurt (SBiK-F) arbeiten Ina Schaefer und Valentyna Krashevska an der Koordination, Entwicklung und Harmonisierung standardisierter Arbeitsabläufe für DNA-Extraktion aus Organismen, Sequenzierung und bioinformatische Auswertung.

Arbeitspaket 7 (AP 7) nutzt moderne DNA-basierte Methoden zur standardisierten und taxaübergreifenden Untersuchung der Bodenbiodiversität in Deutschland. Die in AP 6 extrahierte eDNA wird in AP 7 für die systematische Erfassung der Bodenfauna verwendet. Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf dem comDNA-Metabarcoding sowie dem DNA-Barcoding der zentralen Gruppen der Bodenfauna, Nematoden, Enchyträen, Collembolen, Horn- und Raubmilben sowie Regenwürmer.

Ein Herausstellungsmerkmal dieses Arbeitspaketes ist es, dass die Entwicklung und Anwendung der molekularbiologischen Verfahren in enger Zusammenarbeit mit und ergänzend zur klassischen morphologischen Bestimmung der Bodenorganismen (AP 5) durchgeführt wird. Ziel ist es, molekulare und klassische Ansätze zu kombinieren, um ein möglichst vollständiges Bild der Bodenbiodiversität zu erhalten.

Die Schwerpunkte von AP 7 liegen auf:

• dem Metabarcoding der Bodenfauna aus Bodenproben aus allen Projektstandorten,
• dem Aufbau und der Erweiterung von Referenzdatenbanken für terrestrische Bodenorganismen,
• der Verbesserung der molekularen Artbestimmung durch hochwertige Referenzsequenzen,
• der Integration erzeugter Referenzsequenzen in öffentliche Datenbanken.

Arbeitspaketleitung:
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Mitwirkung:
ECT Ökotoxikologie GmbH
Ecossa
Mesocosm GmbH